Mõnel juhul võib kohalik omavalitsus keelduda ehitusloa väljastamisest: * ehitusprojekt ei vasta ehitusprojektile esitatavatele nõuetele
* ehitusprojekt ei vasta kehtestatud detailplaneeringule või projekteerimistingimustele ega muudele ehitusprojekti koostamise lähteandmetele* ehitusprojektis ei ole arvestatud ehitisele esitatavaid nõudeid* ehitusprojekti koostamisel ei ole arvestatud ehitusprojekti koostamisele sätestatud nõudeid* ehitusprojekti koostamisel ei ole arvestatud nõudeid ehitusprojekti koostajale või kontrollijale* ehitise püstitamiseks koostatud ehitusprojekt ei tugine ehitise asukoha ehitusgeodeetiliste ja geoloogiliste uuringute tulemustele. Nimetatud sättel on erandid – üksikelamu, suvila, aiamaja, taluhoone, väikeehitis* ehitusloa taotlus ei vasta nõuetele* ehitusloa taotlemisel on teadvalt esitatud valeandmeid* ajutise ehitise ehitamise korral erineb ehitise taotletav kasutamise aeg kohaliku omavalitsuse määratud ajast* riigilõiv on tasumata* oluline keskkonnamõju on hindamata ja keskkonna¬mõju hindamine on nõutav* keskkonnamõju on hinnatud, kuid keskkonnamõju hindamise aruande kohaselt kaasneks tegevusega oluline keskkonnamõju, mida ei ole võimalik vältida ega leevendada* kohalik omavalitsus on algatanud ehitusprojekti koostamise aluseks oleva detailplaneeringu kehtetuks tunnistamise menetluse.
Kui ehitusloa väljastamisest keeldutakse põhjusel, et oluline keskkonnamõju on hindamata ja keskkonnamõju hindamine on nõutav, avaldab ehitusloa väljastaja teate ehitusloa väljastamisest keeldumise kohta maakondlikus või kohalikus ajalehes.
Teates avaldatakse otsuse sisu, otsuse aluseks olevad põhjendused ja vajaduse korral kahjulike mõjude vältimise, vähendamise ja võimaluse korral kõrvaldamise meetmete kirjeldus ning teave üldsuse kaasamise kohta.
Kui ehitusloa taotlemisel esitatud dokumendid on puudulikud, võimaldab ehitusloa väljastaja ehitusloa taotlejal puudused kõrvaldada, määrates selleks taotlejale tähtaja, mis ei või olla lühem kui viis tööpäeva.
Ehitusloa väljastamisest ja sellest keeldumisest Äripäeva "Ehituskäsiraamatus“.