Keskkonnamõju hindamise protsess viiakse läbi paralleelselt raudtee põhiprojekti koostamisega. Keskkonnamõju hindamise esimeseks etapiks on programmi koostamine, milles kirjeldatakse projekteeritavat raudteelahendust, lahenduse võimalikke alternatiive, mõjutatavat keskkonda ja kirjeldatakse vajalikke täiendavaid uuringuid ning keskkonnamõju hindamise metoodikat.