Põhjalik riskijuhtimissüsteem pakub platvormi ajakava ja eelarve täpseks määratlemiseks ning jälgimiseks kogu Rail Baltica projekti elutsükli vältel. Lisaks võimaldab süsteem ette näha projekti rakendamisega seotud probleeme, muudatusi ja riske kõikides projektiga seotud riikides. Põhjaliku riskijuhtimissüsteemi rakendamise vajalikkuse tõid Baltimaade auditeerimisasutused välja ka oma ühises auditisoovituses.