Suurel osal hoonetest on aadress ainult omavalitsuse või küla tasemeni, hoone
lähiaadress (nt talu nimi, tänava nimi või number) on registrist puudu. Ainult 8%-l hoonetest oli määratud asukoht kaardil. Kuna ehitisregistri andmed polnud piisavad tulevase rahvaloenduse korraldamiseks, algatati aadressiandmete korrastamise projekt.
Riigikontroll auditeeris ehitustegevust viies Tallinna linnaga ja kolmes Tartu linnaga piirnevas vallas, mis 2000. aastate teises pooles valitsenud kinnisvarabuumi ajal kuulusid Eesti suurimate ehitustandrite hulka. Riigikontrolli valimisse kuulunud 37-st ehitusloaga ehitisest olid audititoimingute ajal ainult 20 andmed ehitisregistrist kättesaadavad.
Riigiasutused süüdistavad ehitisregistri andmete kehvas kvaliteedis omavalitsusi, oletades, et need ei pea väheste ressursside tingimustes andmete töötlemist registris prioriteediks ega sea andmete korrastamist endale eesmärgiks. Samas ei kontrolli riik, kas ja kui kvaliteetselt andmeid registrisse kantakse, ning andmete esitamata jätmise eest ei ole ette nähtud ka mingeid sanktsioone.
Probleemi üheks põhjuseks, miks ehitiste andmed ei ole registrist tihti tavaotsinguga leitavad, on registrisse sisestatud aadressiandmete ebakorrektsus. Katastritunnuseid, mis võimaldaks tuvastada maaüksuse, millel ehitis asub, pole paljudel juhtudel sisestatud. Suures osas on andmed puudulikud ka seetõttu, et ehitisregistri loomisel võeti hoonete kohta vanadest registritest (hooneregister, ehitusregister) üle ebatäpsed andmed ning nende korrastamisega pole olulisel määral tegeletud.
Kui omavalitsus on kaalumise tulemusel jõudnud järeldusele, et objekti ehitamisega kaasnevat keskkonnamõju pole vaja hinnata, tuleb vastav märge teha ka registrisse. Keskkonnamõju hindamisega seotud infot ei olnud ükski auditeeritu registrisse kandnud.
Riigikontroll leiab, et ehitisregister ei täida oma eesmärki ka andmete informatiivse ja statistilise tähenduse osas, kuna ka üksnes auditi tulemusel võib väita, et riiklik ehitusstatistika, mida registri baasil saadakse, ei ole täpne. Majandusministeerium ei ole registri volitatud ja vastutava töötlejana suutnud tagada, et ehitisregister koondaks, hoiaks ja avalikustaks tegelikkusele vastavat infot.